A harmadik szabadedzés törlése után a kvalifikáció kezdetére már javult az időjárás a Fudzsi-hegy közelében lévő pályán, igaz az ideálistól azért messze elmaradt a helyzet. Így a pilóták esős pályára való abroncsokkal kezdték a rajtsorrendről döntő gyakorlást, az eredmények eleinte nem is igazán voltak mérvadóak.

A nyitó negyedóra elején Felipe Massa, majd Fernando Alonso állt a lista élén, majd a Ferrari brazil klasszisa 1.25,359-cel került végleg az első helyre. A kétszeres világbajnok spanyol klasszis 1:25,379-cel lett a második, míg Kimi Räikkönen 1:25,390-nel végzett a harmadik pozícióban.

Érdekesség, hogy a pontversenyt vezető Lewis Hamilton másfél perccel a leintés előtt még csak a kiesést jelentő 18. helyen volt, de végül simán bekerült a legjobb 16 közé, a negyedik időt autózta.

Ralf Schumacher ugyan szintén bejutott a második szakaszba, de már nem harcolhatott a továbbjutásért, lévén az első negyedóra végén ütközött Jamamoto Szakonnal és megsérült az autója.

A második negyedórát egyértelműen a McLaren uralta, először Alonso vezetett 1:24,978-cal, majd 1:24,806-tal, de az első helyet végül Hamilton szerezte meg 1.24,753-mal. A wokingiak két klasszisa mögött Räikkönen (1:24,988) és Massa (1:25,049) zárt.

Meglepő, hogy a Renault egyik versenyzője sem került a legjobb tíz közé, míg ugyanez sikerült Sebastian Vettelnek, aki a 10. lett. Igaz, a 9. helyen továbbjutó Nico Rosberget motorcsere miatt 10 pozíciós büntetéssel sújtják, így Giancarlo Fisichella és Heikki Kovalainen is előrelép majd a rajtrácson.

Az utolsó negyedórát egyértelműen a McLaren uralta, sokáig Alonso vezetett. A spanyol versenyző folyamatosan javított idején (1:25,596, 1:25,539, 1:25,438), úgy tűnt, meg is nyeri az időmérőt. A leintés előtt azonban csapattársa, Hamilton a körülményekhez képest elképesztő tempóban száguldott, minden szektorban az élen állt és végül 1:25,368-cal került az élre. Így a papírformának megfelelően a McLaren sikerével zárult az időmérő és ha vasárnap nem történik nagy meglepetés, akkor a wokingiak nagy lépést tehetnek a világbajnoki cím megszerzése irányába.

Az időmérő nagy meglepetését Nico Rosberg hatodik helye jelentette, de a német pilóta a motorcsere miatt csak a 16. pozícióból startolhat. Így Jenson Button örölhetett a roppant jó eredménynek, ugyanez vonatkozhat Mark Webberre és Vettelre is.